Il dottor Eggman provoca un'esplosione all'interno del suo edificio con l'ultimo Smeraldo del Caos, trasportando Sonic e gli amici in un mondo abitato da umani.

Con l'aiuto di Chuck, il nonno di Chris, Sonic deve salvare i suoi amici Cream e Cheese che sono tenuti prigionieri in una struttura militare.

Quando il dottor Eggman sferra un attacco con l'E-23 Missile Wrist, Tails, Amy e Chris cercano di abbatterlo, ma il potente robot si rivela un nemico formidabile.

Il presidente manda a scuola di Chris una spia che si finge un insegnante. Quando salta fuori uno Smeraldo del Caos, sia Eggman sia Sonic tentano di prenderlo per primi.

Dopo essere stato ingannato dal dottor Eggman, Knuckles incolpa Sonic per essere rimasto intrappolato nel mondo degli uomini e lo sfida a battersi.

Il dottor Eggman invia un insegnante robot per fare il lavaggio del cervello a Chris e ai suoi compagni di classe, ma finisce per non attenersi al programma prestabilito.