En rentrant de l'école, le père handicapé de Ryan et Kory se fait kidnapper par de mystérieux individus à bord d'un van noir. Heureusement, leur père avait tout prévu et avait créé des voitures intelligentes qui se transforment en robot en cas de danger : les Tobot X et Y ! Leur existence doit cependant rester un secret afin de ne pas attirer l'attention de la police qui placera les deux enfants en maison d'accueil.

Le bus scolaire de l'école des enfants fonctionne mal et met leurs camarades en danger. Pour les sauver, les deux garçons et leurs Tobot se rendent sur place ! Maintenant que Dolly connait l'existence des deux Tobot elle tente de se rejoindre à la mission et même de la diriger. Elle trouve le manuel d'emploi du Tobot X et convainc Kory de la laisser l'améliorer.

Limo découvre la véritable identité des Tobots. Il ordonne à Diluk de détruire X. Pour cela, il utilise un fourgon noir qui se transforme en robot géant. Diluk se rend vite compte que détruire les Tobots ne va pas être chose facile.

Ryan et Kory font tout pour retrouver leur père. Limo découvre que son ancien partenaire est toujours en vie. Il veut se venger de la mort de sa femme et de son fils morts quelques années plus tôt. Aidés du sergent Oh, de Dolly et de leurs Tobots, Ryan et Kory partent à la rescousse de Franklin.

Franklin rentre enfin chez lui avec ses deux fils. Quand il se rend compte du bazar, il ordonne à ses fils de ranger. Pendant ce temps, Diluk reçoit un appel d'une mystérieuse dame nommée Acnee souhaitant acquérir l'intelligence artificielle de Babot. En nettoyant Ryan et Kory découvrent un nouveau Tokey et surtout un nouveau Tobot qui combine les forces de Tobot X et Y ! Afin de capturer les Tobots, Acnee envoie une armée de motards à Diluk.

La nouvelle arme secrète d'Acnee n'était autre que l'Acbot blindé. Diluk doit lire un mode d'emploi épais. Pendant ce temps, la petite poupée est à l'école, en train de dévoiler à tout le monde où se trouvent les Tobots.