Jaden è un ragazzino che ha un sogno: diventare il re dei giochi. Mentre si reca agli esami di ammissione all'Accademia del Duellante, una prestigiosa scuola per appassionati di Duel Monsters, si imbatte in Yugi che gli regala la carta Kuriboh Alato.

Jaden, insieme a Syrus, arriva all'Accademia del Duellante e viene assegnato al dormitorio Slifer Rosso. Il ragazzo poi entra nell'arena dei duelli dell'Obelisk Blu e conosce Chazz, un coetaneo presuntuoso che lo sfida a duello.

Il dottor Crowler, furibondo per un commento sfacciato di Jaden, decide di farlo espellere dalla scuola tendendogli un tranello. Scrive una lettera d'amore fasulla firmata da Alexis in cui lo invita ad incontrarla al dormitorio femminile.

All'accademia arrivano delle nuove carte rare, ma gli studenti restano a bocca asciutta perché qualcuno se le è accaparrate tutte. Il misterioso individuo è il professor Crowler, che le regala a Chazz affinché possa battere Jaden.

Jaden, Syrus e Chumley vengono a sapere di un vecchio dormitorio abbandonato che venne chiuso dopo la misteriosa scomparsa di alcuni studenti. Crowler ingaggia Titan affinché li terrorizzi.

Continua il duello tra Jaden e Titan. Il ragazzo riesce con fatica a rispondere agli attacchi dell'avversario, che si avvale di una schiera di potentissimi mostri, e si sente sprofondare sempre più nelle tenebre.