Por alguna razón, Tadayasu Sawaki, un estudiante de primer año de la Universidad Agrícola, puede ver microbios. Cuando ve que un gran número de microbios salen de un punto especifico del suelo, Tadayasu comienza a sospechar que es el cadáver de un estudiante que ha estado desaparecido.

La peor enemiga del sake, la bacteria Hiochi, está saliendo de una de las ventanas de la universidad. Sawaki sigue su rastro hasta la habitación de dos estudiantes de último año, Kawahama y Misato, los cuales están destilando sake ilegalmente. Ahora con la deuda hasta el cuello, los dos planean sacarle dinero a la habilidad de Sawaki.

Kawahama y Misato comienzan a cultivar un hongo especial que sale de una oruga, pero otra estudiante de primer año, Hazuki Oikawa, los mata a todos con un aerosol anti-bacterial. Por otro lado, el profesor Itsuki celebra la construcción de su nuevo sótano de fermentación con una demostración de destilación de sake, y Sawaki puede ver por primera vez como los microbios actúan en la fermentació...

El profesor Itsuki le pide a Sawaki y a su mejor amigo, Kei Yuuki, que roben algunos vegetales de una universidad de cultivo. Tienen los nervios de punta mientras los chicos experimentan su primer robo, pero todo resulta ser un evento de la universidad para enseñarle a los de primer año las consecuencias de robar.

Sawaki se encuentra con un monstruo de microbios, un hombre cubierto de pies a cabeza por microbios. Resulta ser un amigo del profesor Itsuki llamado Kikuji Hiyoshi, el cual dirige una licorería. Sawaki y los demás quedan fascinados por sus relatos acerca del sake y la contribución que tienen los microbios en él. Justo en ese momento, aparece una mujer con una enorme mochila y un terrible olo...

Aoi Mutoi una vez tuvo el título de la "Señorita Universidad de Agrícola", pero después de su largo viaje de regreso y caminando, más una mochila llena de comida echada a perder, ha perdido gran parte de su apariencia femenina. Ya que está en Japón, Aoi piensa en tomarlo todo tranquilo y relajarse, pero Sawaki ve sobre ella uno de los microbios que está en el top 5 de los peores microbios as...