La tensión entre Jason y Ray llega a un punto crítico, y Lisa se enfrenta a su prueba final en la Escuela de Aspirantes a Oficial.
En el final de la segunda temporada, el futuro del equipo Bravo está en juego cuando el comandante Shaw recomienda que sean separados, pero la unidad de Jason tiene una última misión para demostrar que está equivocado.
Retomando después del final explosivo del otoño, Hodgins lleva ocho semanas de rehabilitación por su parálisis y se ve obligado a moverse por la vida en silla de ruedas. Mientras tanto, Brennan y Booth investigan la muerte de una defensora pública que tenía múltiples acusados de casos anteriores con motivos para matarla.
El equipo investiga un caso vinculado con un exinfante de Marina a quien persigue Al Qaeda por malversar dinero de Irak, y Hetty le asigna a Nell unirse a Deeks en la misión.
