Als die genetischen Übermenschen ein klingonisches Schiff entführen, muss Archer sich auf ihren Schöpfer Dr. Arik Soong verlassen, um sie zur Strecke zu bringen.
Aus Trotz gegen ihren "Vater" planen die Augments von Arik Soong ein abscheuliches Komplott gegen die Klingonen, das mit Sicherheit zu einem interstellaren Krieg führen wird.
Arik Soong führt seine Gruppe von Augments zu einer medizinischen Einrichtung, in der Hunderte genetisch verbesserte Embryonen gelagert werden, um sie zu bergen und zum Leben zu erwecken.
Das Team beginnt, an Angel zu zweifeln, weil er immer bösartiger wird. Doch er hat einen Plan. Als Wesley ihn wegen seines Verhaltens zur Rede stellt, erzählt er ihm, den Kreis der Seniorpartner von innen heraus zerstören zu wollen.
Ein verdeckter Einsatz führt die S20-Agenten nach Russland. Währenddessen hegt Katrina (Yasemin Allen) immer mehr Zweifel an der Identität und den Motiven ihres Vorgesetzten Pavel (Alec Newman).