Nach seinem Austritt bei der Phoenix Foundation hat es Mac (Lucas Till) nach Nigeria verschlagen. Dort will er ein einfacheres Leben beginnen. Bis plötzlich sein Vater (Tate Donovan) auftaucht ...
Die Foundation trauert um Jill. Die Forensikerin ist Murdocs grausamen Spiel zum Opfer gefallen, mit dem er Macs (Lucas Till) Aufmerksamkeit gewinnen wollte. Welchen finsteren Plan verfolgt er damit?
Für das Team geht es zurück an die Uni. Statt Bücherbüffeln gilt es, einen Schläfer-Agenten ausfindig zu machen. Der rekrutiert an der Western Tech Studenten, die Sprengstoff für ihn stehlen sollen.
Matty wendet sich mit einer privaten Angelegenheit an das Team, denn das Leben ihres Mannes Ethan steht auf dem Spiel. Dieser hat vor ein paar Jahren einen Undercover-Auftrag in Asien angenommen ...
In der Seuchenschutzbehörde ist ein Röhrchen mit einem besonders tödlichen Virus abhandengekommen. Gelingt es MacGyver (Lucas Till) und seinem Team, die Menschheit vor einer Pandemie zu schützen?