Die Herzkönigin hat im Wunderland die Schulpflicht erlassen und die Falsche Suppenschildkröte als Lehrerin eingesetzt. Doch die Schildkröte, die wegen ihres Ringelschwänzchens und ihrer Kalbsohren nur allzu leicht in Tränen ausbricht, ist dem Beruf nicht gewachsen. Während die Herzkönigin über dieses Versagen enttäuscht ist, haben Alice und Benny Bunny Mitleid mit der Falschen Suppenschildkröte und versuchen sie zu finden. Die Suche gestaltet sich schwieriger als gedacht, da ihnen der Jabberwoky eine Falle stellt.

Im Wunderland sind die Krocketkugeln verschwunden, ohne die die Mächtigen dort nicht auskommen können. Die Herzkönigin will neue kaufen, muss aber feststellen, dass die Schloßkasse leer ist. Deshalb verfügt sie kurzerhand eine neue Steuer: die Fußsteuer. Ab sofort muss jeder, der sich im Wunderland auf seinen Füßen fortbewegt, dafür viel Geld bezahlen. Doch die Grinsekatze weiß, wie man diese Steuer umgehen könnte.

Eines Tages kann Alice ihr Kaninchen Benny Bunny nicht finden. Er ist eifersüchtig und deshalb weggelaufen. Nach intensiver Suche stellt sie fest, dass Benny Bunny im Wunderland vom Drachen Jabberwocky hypnotisiert worden ist. Verzweifelt bittet sie die blaue Raupe um Rat.

Alice und Benny Bunny stellen fest, dass alles Grün aus dem Wunderland verschwunden ist. Schließlich erfahren sie, dass das Grün beleidigt ist, da die Wunderlandbewohner nur die Blumen loben, das schöne Grün jedoch nie beachten. Deshalb hat das gesamte Grün beschlossen, für immer wegzugehen. Alice unternimmt eine gefährliche Reise, um das Grün zur Rückkehr zu überreden. Diese führt sie bis ins eisige Grönland.

Alice entdeckt, dass sie durch den Wohnzimmerspiegel fassen kann, woraufhin sie mit Benny Bunny durch den Spiegel hindurchschlüpft und sich im Wunderland wiederfindet. Dort richtet die Herzkönigin einen Schönheitswettbewerb aus. Um etwas Farbe ins Geschehen zu bringen, überredet Alice den Herzbuben, am Wettbewerb teilzunehmen. Auch die Herzkönigin hofft auf einen Gewinn ihres Sohnes. Sie möchte damit sein Selbstvertrauen stärken. Aber nichts kommt so wie es geplant wurde und am Ende muss die Herzkönigin eine seltsame Entscheidung treffen.

Das herzkönigliche Paar ist auf Schmetterlingsjagd inklusive Picknick. Doch die räuberischen Ameisen stehlen den Picknickkorb, woraufhin die Herzkönigin ihren Gästen ein Pilzgericht zubereitet. Der Verzehr des Gerichts hat aber zur Folge, dass alle auf die Größe von Ameisen schrumpfen. Als die Herzkönigin in ihrer Angst zu fliehen versucht, landet sie mitten in einem großen Spinnennetz.

Alice begegnet im Wunderland einer kleinen Ente, die sehr aufgeregt ist Sie will das Wunderland verlassen, weil sie sich von den Flamingos schlecht behandelt fühlt. Um dem Entlein zu helfen, gibt sie es bei einem schwarzen Schwan in Pflege, ohne zu ahnen, dass er ein Vasall der Herzkönigin ist und plant, die kleine Ente der Herrscherin zum Verzehr anzubieten. Jetzt können die Famingos beweisen, dass sie gar nicht so hochnäsig sind, wie das Entlein gedacht hat.

Die Wunderlandbewohner widmen sich dem jährlichen Waschtag, müssen jedoch feststellen, dass die Wäsche trotz aller Anstrengungen nicht richtig sauber wird. Alice ist sicher, dass das am kalten Flußwasser liegt. Als sie dies der Herzkönigin mitteilt, erhält sie von der Herrscherin den schier unmöglichen Auftrag, den Fluß zum Kochen zu bringen.

Die Wolkenschafe im Wunderland streiken. Sie haben keine Lust mehr sich dauernd zählen zu lassen, nur damit jemand einschlafen kann. Für die Wunderlandbewohner ist das fatal, denn jetzt kann dort niemand mehr schlafen. Alle sind aggressiv und schlecht gelaunt. Alice versucht im Palast der Herzkönigin eine Lösung zu finden, aber auch die ist übelster Laune. Erst im Land der glücklichen Träume findet das Mädchen einen Ausweg.

Einmal wird Alice auf ihrem Flug ins Wunderland von den Dawson-Zwillingen verfolgt. Sie dringen ins Wunderland ein und richten dort sofort nur Unheil an, was Alice sehr peinlich ist. Außerdem machen die Wunderlandbewohner sie persönlich für die Schäden verantwortlich. Als sich die Dawsons auch noch mit Tweedledee und Tweedledum verbünden, nimmt das Chaos ungeahnte Dimensionen an.

Alice und Benny Bunny erfahren, dass das große weiße Kaninchen das Wunderland verlassen will und deshalb seinen ganzen Besitz verkauft. Alice ist sehr besorgt, weil der königliche Zeitansager weder essen, noch sprechen will. Schuld daran ist die Herzkönigin, die das weiße Kaninchen entlassen hat und stattdessen ein großes schwarzes Kaninchen aus dem Hofstaat der schwarzen Königin eingestellt hat, das schneller und auch geschickter zu sein scheint als sein Vorgänger.