Die sechsteilige Miniserie "Bonn – Alte Freunde, neue Feinde" spielt in der damaligen Regierungsstadt Bonn im Jahr 1954. Der Zweite Weltkrieg ist noch keine zehn Jahre her. Die 20 Jahre alte Antonia, "Toni" genannt, nimmt eine Stellung als Fremdsprachensekretärin bei der Organisation Gehlen an – einem Vorläufer des heutigen Bundesnachrichtendiensts. Bald gerät die junge Frau zwischen die Fronten zweier rivalisierender Geheimdienste. Bei ihrer neuen Tätigkeit stößt die ambitionierte Toni auf dunkle Geheimnisse, die auch ihre eigene Familie betreffen. Zeitgleich verliebt sie sich in Wolfgang Berns, einen Mitarbeiter des Verfassungsschutzes, und beginnt, selbst im neu gegründeten Inlandsgeheimdienst zu arbeiten. Dabei bemerkt sie, dass ihr Geliebter nicht nur eine dunkle Vergangenheit hat, sondern immer noch Mitglied einer NS-Geheimorganisation zu sein scheint. Daraufhin fängt Toni an, zu recherchieren. Einen Verbündeten hat sie in Otto John, dem Chef des Verfassungsschutzes. Er ist ebenfalls der Auffassung, dass erstarkende alte Kräfte eine Bedrohung für die junge Bundesrepublik darstellen. Sie tauchen in den Geheimdiensten, offiziellen Ämtern und sogar in Tonis Familie wieder auf. Otto John ist ein strikter Gegner des Einflusses ehemaliger Nationalsozialisten. Er gibt Toni H...

Beim Prozess gegen den Kriegsverbrecher Joseph von Waidburg begleitet Toni ihren Chef Gehlen. Sichtlich geschockt hört sie von den Gräueltaten des Angeklagten. Doch trotz klarer Beweislage wird dieser freigesprochen. Eine herbe Niederlage für John. Er sucht das Gespräch mit Toni, und auch Wolfgang macht erste Avancen: Der Plan, Toni als Agentin anzuwerben, nimmt konkrete Formen an. Auch Tonis Mutter ist unterwegs: Sie trifft heimlich Noah, ihre verflossene Affäre und Liebe ihres Lebens. Tonis Misstrauen gegenüber Gehlen wächst, als sie ein brisantes Telefonat zur Geheimsache "Scipio" mithört, in die Kanzleramtsminister Globke involviert ist. Auch ihr Vater hat seine Hände im Spiel. Gehlen vertraut Toni einen Umschlag an, den sie Globke persönlich übergeben soll. Auf dem Weg wird Toni von Wolfgang überrascht, der sie zu einem Kaffee überredet. Nicht ohne Hintergedanken. Endlich gelingt Wolfgang die Festnahme des Fälschers Heimann. Auch Schwarte, die in Wirklichkeit ein Mädchen ist, trifft er wieder. Sie übergibt Wolfgang eine verschlüsselte Liste aus Heimanns Wohnung. Eine wertvolle Spur für Otto John, denn diese könnte die Aufenthaltsorte und Fluchtrouten der gesuchten NS-Verbrecher enthalten. Tonis Zweifel an der bevorstehenden Hochzeit mit Hartmut werden stärker. Wolfg...

Im Innenministerium findet ein Treffen mit Gehlen, Kanzleramtsminister Globke und Innenminister Schröder statt. Dort wird John wegen Wolfgangs "unsanften" Verhörmethoden zur Rede gestellt. Wohlweislich erzählt er nichts von der verschlüsselten Liste aus Heimanns Wohnung. Unterdessen trifft Wolfgang in Belgien seinem Kontaktmann vom Mossad, der die "Heimann-Liste" entschlüsseln konnte. Mit dem israelischen Agenten handelt er einen Deal aus. Das Verteidigungsministerium bekommt Brunner, der Mossad alle anderen Kriegsverbrecher auf der Liste. Dann wird Heimann mit einer Zyankali-Kapsel im Mund tot in seiner Zelle aufgefunden. War es wirklich Selbstmord? Toni wird Gehlen gegenüber immer misstrauischer, und das aufgeregte Treiben auf dem Hof ihres Vaters lässt sie zusätzlich stutzig werden. In einem unbeobachteten Moment öffnet sie eine der Kisten: Anstelle von Baustoffen wird etwas ganz anderes transportiert. Nach langem Ringen berichtet Toni John von ihrer Entdeckung. Johns Ehefrau Lucie, deren Familie im KZ getötet wurde, beschwört Toni, sich auf keinen Fall etwas anmerken zu lassen. Die Stimmung in der Familie ist unterkühlt, selbst der eigenen Schwester gegenüber muss Toni nun vorsichtig sein. Heimlich durchsucht sie Gehlens Büro nach Hinweisen. Und sie wird fündig: In Geh...

Bei den Eheleuten Schmidt herrscht Eiszeit. Else weigert sich, Gerd zum Ball der deutschen Wirtschaft zu begleiten, und Toni wittert ihre Chance. Im pompösen Festsaal ist alles versammelt, was in der Hauptstadt Rang und Namen hat. Auch Gehlen ist vor Ort. Toni beobachtet, wie er mit ihrem Vater und weiteren Männern verschwindet. Sie folgt ihnen und belauscht eine geheime Versammlung. Darin geht es um "Scipio" und eine Gedenkfeier zu Ehren Adolf Hitlers. Doch Toni wird entdeckt und von ihrem Vater nach Hause geschickt. Dort überrascht sie ihre Schwester und Hartmut in vertrautem Miteinander. Der Termin in Gehlens Kalender lässt Toni keine Ruhe. Sie flirtet mit seinem Fahrer, erfährt den Ort für das konspirative Treffen und berichtet Wolfgang davon. Wolfgang mischt sich getarnt unter die Gäste und wird prompt von Gehlen und Gerd Schmidt entdeckt. Bei einem brutalen Verhör kann Wolfgang sie jedoch überzeugen, einer von ihnen zu sein. Während die einen Wolfgang vertrauen, wird Toni misstrauisch: Ist Wolfgang ein Verräter? Sie geht zu ihm, doch plötzlich kochen ihre Gefühle hoch, und sie liegen sich in den Armen.

Otto John gibt Toni den Auftrag, herauszufinden, wer "Scipio" finanziell unterstützt. Im Büro ihres Vaters wird sie fündig und stößt auf dubiose Zahlungen. Als auf dem Hof Lkws mit den mysteriösen Kisten beladen werden, legt Toni sich auf die Lauer. In einem unbeobachteten Moment springt sie auf die Laderampe. Doch wohin führt die Fahrt? Otto John will Nägel mit Köpfen machen. Auf einem Bahnhof soll der Zugriff auf Alois Brunner erfolgen. Doch entgegen den Informationen der "Heimann-Liste" sitzt dieser nicht im Zug. Hat jemand den Verbrecher gewarnt? Bei der wöchentlichen Besprechung im Innenministerium erntet John für sein Scheitern Hohn und Spott. John macht sich auf den Weg nach Antwerpen, um sich mit dem israelischen Geheimdienst Mossad zu treffen, und erfährt, dass die Daten auf der "Heimann-Liste" absichtlich gefälscht wurden. Wer war der Auftraggeber?

In Bonn präsentiert John Innenminister Schröder seine Ermittlungen zu "Scipio". Schröder gibt grünes Licht für einen Großeinsatz - Johns letzte Chance, seine eigene Karriere zu retten. Bei den Feierlichkeiten zum "Tag des Widerstands" hofft John, vor der Bundesregierung mit neu gewonnenen Informationen über Gehlen und seine Gruppe aufwarten zu können. Er hat alle Trümpfe in der Hand, doch wird man ihm glauben? Tonis Leben ist auf den Kopf gestellt: Nachdem sie ihre Familie mit einer grausamen Wahrheit konfrontiert und ihr niemand Glauben schenkt, verlässt sie mit ein paar Habseligkeiten ihr Elternhaus und zieht zu Wolfgang. Die beiden erkennen, wie stark ihre Gefühle füreinander sind, auch wenn um sie herum alles zerfällt. Doch mitten in der Nacht packt Wolfgang seine Sachen und fährt nach Bayern, wo er auf Alois Brunner treffen will. Die beiden verbindet mehr, als Wolfgang jemals offenbaren würde. Dafür setzt er sogar seine Liebe zu Toni aufs Spiel. Um Brunner an der Flucht zu hindern, überwältigt Wolfgang einen Fahrer, der den Kriegsverbrecher über die Grenze bringen soll. Doch Brunner erkennt Wolfgang und lässt genüsslich die grauenvolle Wahrheit von Wolfgangs Leben Revue passieren. Wolfgang ist rasend vor Wut, es kommt zum Handgemenge. Plötzlich fällt ein Schuss. J...