Eine Meganuklearkatastrophe hat Tokio verwüstet und verstrahlt. Die drei Mädchen Ibara, Taeko und Aoi sind Mitglieder einer Sondereinheit, die in der verstrahlten Geisterstadt nach Überlebenden sucht.

Die Coppelion-Mädchen treffen auf eine Familie in sehr tragischen Umständen. Der Mann und die Frau sind ehemalige Straftäter, die sich jetzt allein um das Wohlergehen ihrer kleinen Tochter Miku sorgen.

Bei der Verfolgung eines verdächtigen Tarnkappenbombers stoßen die Coppelions auf ein riesiges illegales Lager von hoch radioaktivem Atommüll. Professor Shiba will seinem Leben ein Ende machen.

Die Coppelions werden von Kämpfern einer ominösen 1. Division angegriffen und der japanische Premierminister mischt sich peinlich und wenig hilfreich in das Geschehen ein.

Aoi ist in der Gewalt der 1. Division. Haruto Kurosava - ein männlicher Coppelion von der Säuberungseinheit - ziemlich cool und clever aber auch zynisch - kommt den Mädchen zur Hilfe.