Die neutrale Kolonie Heliopolis wird von den ZAFT-Kräften angegriffen, was einen noch viel größeren Konflikt ausartet, in den der Junge Kira und seine Freunde ungewollt hineingezogen werden.

Die Jugendlichen haben ein streng gehütetes Militärgeheimnis gesehen, weshalb sie nun nicht mehr so leicht davonkommen.

Die Kinder sind gezwungen, auf der Archangel zu verweilen. Und Kira wird erneut auf die Probe gestellt.

Heliopolis liegt in Trümmern und die Archangel wird erneut angegriffen. Die Kinder entschließen, nicht nur Kira kämpfen zu lassen.

Es sieht nicht gut für Kira aus, der von den Feinden gefangen genommen wird. Können seine Kameraden noch etwas ausrichten und ihn aus den Klauen des Feindes befreien?

Das Schiff kann sich aufs Mond-Hauptquartier retten, das als undurchdringbare Festung gilt. Doch während sie von der Besatzung unter Verdacht stehen, hat auch der Feind einen Plan ausgeheckt.