Tony Stark kommt mit dem Ziel nach Japan, dort als ersten Schritt seiner Weltfriedens-Initiative eine Arc-Station aufzubauen. Vor dem japanischen Volk kündigt er ein neues Iron-Man-Modell an, Iron Man Dio. Aber während einer Demonstration stürzt Dio aufgrund eines mysteriösen System-Bugs ab. Im Labor 23 versucht der Dio-Anzug, den menschlichen Piloten zu übernehmen und greift die Einrichtung an. Tony muss seinen alten Iron-Man-Anzug reaktivieren und hinter Dio herjagen, doch kaum ist das geschafft, taucht der Zodiac-Kampf-Mech Scorpio auf.

Verteidigungsminister Kuroda beschuldigt Tony Stark, Plutonium an Bord eines japanischen Frachtschiffs zu schmuggeln. Das Schiff wird angegriffen und das Plutonium verschwindet. Er vermutet eine Falle, zieht den Iron-Man-Anzug an und schwört, das Plutonium zurückzubeschaffen. Er verfolgt das nukleare Material und entdeckt, dass die Terrororganisation Zodiac gemeinsam mit Advanced Idea Mechanics (A.I.M.) hinter dem Diebstahl steht. In der resultierenden Verfolgungsjagd wird die Reporterin Nanami Ota beinahe getötet. Iron Man besiegt den Zodiac-Krieger Cancer und beschafft das Plutonium. Unterdessen darf Nanami ihre erste Story über Tony Stark schreiben.

Nanami recherchiert über die schrecklichen Wirbelstürme, die zwei bedeutende Wissenschaftler das Leben gekostet haben. Ihre Suche bringt sie zu Professor Sakamoto und seiner ehemaligen Schülerin Dr. Tanaka. Beide waren früher Teil des Tesla-Projekts, dessen Ziel die Manipulation des Wetters war. Besteht ein Zusammenhang mit dem seltsamen Wetter, unter dem Japan leidet? Und wenn - was kann Nanami tun, um es aufzuhalten? Kann Iron Man das Wetter besiegen?

Tony Stark unterstützt ein wohltätiges Rennen, um das Image von Stark Industries aufzupolieren. Er erklärt Dr. Chika Tanaka, wie seine Begegnung mit Dr. Yinsen in Gefangenschaft seine Sicht des Lebens veränderte. Unterdessen bringen A.I.M./Zodiac den schwer verletzten Rennfahrer Kawashima dazu, Tony Stark auszuschalten, indem sie versprechen, seine Verletzungen zu heilen. Auf der Rennstrecke versucht Kawashima, Tony Stark zu töten. Das unerwartete Auftauchen von Logan, des X-Man-Mutanten WOLVERINE, rettet ihn in letzter Minute. Logan gibt Tony wertvolle Informationen zu A.I.M. Sie spüren Kawashima auf, doch er sitzt im Pilotensitz des Zodiac-Killer-Mech TAURUS. Nachdem Iron Man ihn befreit, erscheint Dio auf der Bildfläche. Während er Dio bekämpft fragt sich Iron Man, wer den Anzug steuert.

Dr. Tanaka informiert Tony über eine mysteriöse Epidemie bei der Arc-Station. Die grassierende Krankheit scheint unaufhaltbar, und Tony leitet seine eigenen Untersuchungen ein. Unterdessen spielen die Satelliten der japanischen Streitkräfte verrückt, und Nagato Sakurai besucht Iron Man, um ihn um Hilfe zu bitten. Stark und Sakurai verbünden sich und finden heraus, dass der Zodiac-Mech Aquarius hinter beiden Vorfällen steckt.

Als der Arc-Reaktor eine Reihe von Störungen hat, finden Tony und Dr. Tanaka heraus, dass ein Zodiac-Computervirus die Systeme der Station befallen hat. Der Virus breitet sich auf die Banken und Verkehrskontrollsysteme aus und verursacht Chaos. Tony beschließt, den Virus in einen anderen Computer zu locken... Seinen Iron-Man-Bordcomputer!