Jena 1990. Seit dem Zweiten Weltkrieg gibt es keine ähnliche Situation in Deutschland, in der in so kurzer Zeit so viele Menschen gleichzeitig ihre Arbeit verlieren. Viele Jugendliche in Ostdeutschland erleben ihre verunsicherten Eltern und Lehrer, spüren die Machtlosigkeit der Polizei und des Staates. Reihenweise driften sie von der Schule in die Arbeitslosigkeit. Manche schaffen den Sprung, indem sie in die alten Bundesländer wechseln. Doch der Film wendet sich jenen zu, die bleiben und wütend anfangen zu rebellieren. Eine von ihnen ist Beate Zschäpe, die in den Bann junger Rechtsradikaler gerät. Sie freundet sich mit Uwe Mundlos und Uwe Böhnhardt an. Aus den drei Freunden wird schnell eine verschworene Gemeinschaft. In einem rechtsextremen neonazistischen Umfeld organisieren und radikalisieren sie sich. Ihre Aktionen sind sowohl der Polizei wie dem Verfassungsschutz bekannt, dennoch werden sie nicht festgenommen. Nach einem missglückten Bombenanschlag und nach dem Fund von Sprengstoff in einer von Beate Zschäpe angemieteten Garage gehen die drei Neonazis Ende 1998 in den Untergrund. Was folgt, ist die schwerwiegendste, erschütterndste Mordserie der deutschen Nachkriegsgeschichte.

Der öffentliche Blick in Bezug auf den NSU war in den vergangenen Jahren auf die Täter gerichtet. Den Opfern wurden nur Schlaglichter öffentlicher Aufmerksamkeit zuteil, meist waren es die Passfotos der Getöteten, die häufig mit der zynischen Überschrift „Döner-Morde“ veröffentlicht wurden. Aber hinter jedem Foto eines Getöteten steht eine Familie, die nicht nur den Mord eines geliebten Menschen verkraften musste, sondern auch jahrelange falsche Anschuldigungen durch die Behörden und die Presse. „Die Opfer – Vergesst mich nicht“ ist ein Film aus der Perspektive der Opfer des NSU und ihrer Angehörigen. Semiya Şimşek, die Tochter des ersten Mordopfers Enver Şimşek, war 14, als ihr Vater ermordet wurde. Wie geht ein 14-jähriges Mädchen mit dem schlimmen Verlust um? Wie wirkt sich das auf ihre Entwicklung, ihr Leben, ihre Familie aus? Semiya Şimşek hat gekämpft – für ihren Vater, für ihre Mutter Adile und ihren jüngeren Bruder Kerim.

Weder die Polizei noch die Verfassungsschutzbehörden haben die Taten der rechtsterroristischen Untergrundzelle NSU verhindert. Mehr noch: Bis zum Tod der beiden mutmaßlichen NSU-Terroristen Uwe Mundlos und Uwe Böhnhardt im November 2011 haben die Behörden gegenüber der Öffentlichkeit einen rechtsradikalen Hintergrund der Mordserie ausgeschlossen. Dieser Skandal hat im Rückblick viele Fragen aufgeworfen: über Behördenversagen und Vertuschung, über die fragwürdige Rolle von Geheimdiensten und V-Männern, über institutionellen Rassismus und verdeckte Neonazistrukturen. "Die Ermittler - Nur für den Dienstgebrauch" nimmt exemplarisch die Geschichte der Zielfahnder, die Zschäpe, Böhnhardt und Mundlos 1998 nach dem Abtauchen in die Illegalität gesucht haben, zum Ausgangspunkt für einen fiktionalisierten, gleichwohl auf wahren Begebenheiten und intensiven Recherchen beruhenden Film.