Ben må forvandle sig til rumvæsner for at tage kampen op mod dr. Animo, en gal videnskabsmand, der kun har hævn i hovedet. Animo er bevæbnet med et forvandlingsapparat, som han bruger til at mutere normale dyr til uhyrlige skabninger og genoplive dinosaurer, som går amok i Washington D.C. Undervejs opdager Ben, at det at være en helt ikke kun handler om at blive belønnet for sine gode gerninger.

Under et ophold på en lejrplads ved en sø støder Ben tilfældigt på et Loch Ness-agtigt havmonster, der kaldes krakken. Men efterhånden afslører Ben den virkelige trussel – den onde krybskytte Jonas og hans højteknologiske undervandstyve, som pirrer krakken i forsøget på at stjæle dens æg.

Bedstefar, Gwen og Ben besøger en af deres ældre slægtninge, men opdager, at hele området med ældreboliger er blevet overtaget af en gruppe formskiftende rumvæsner!

Ben bliver forfulgt af 3 rumvæsner, som Vilgax har hyret til at få fingre i prototypeuret. De stærke lejesoldater giver Bens rumvæsenhelte deres første virkelige udfordring. Heldigvis er Hoverboard dobbeltagent og arbejder på at sikre, at Omnitrix'en ikke havner i de forkerte hænder. Men han er ikke videre begejstret over at se, at Ben behandler galaksens kraftigste våben som et stykke legetøj.

Et af Bens numre giver bagslag, da han kommer til at frigøre en Megawhatt, et altødelæggende monster bestående af ren elektrisk energi.

Efter et skænderi med Max tager Ben ind til byen på egen hånd. Her møder han en dreng, som har evnen til at absorbere energi – og alle Omnitrix' kræfter.