Denne udgave af X-Men viser Cyclops, Jean Grey, Rogue, Nightcrawler, Shadowcat og Spike som teenagere, mens de kæmper for en verden, der frygter og hader dem.
EPISODE 1
Strategy X
Mens Kurt Wagner (Nightcrawler) vænner sig til sit nye hjem på Xaviers skole, forsøger Mystique at spionere mod skolen. Hun får Todd Tolanski (Toad), en mutant med evner som en frø, til at holde øje med, hvad der foregår på skolen.
EPISODE 2
X-Impulse, The
Kitty Pryde fra Chicago opdager sine mutantkræfter. Xavier sender Jean Grey på en mission for at rekruttere hende blot for at opdage, at hun allerede er blevet rekrutteret af Lance Alvers, også kendt som mutanten Avalanche.
EPISODE 3
Rogue Recruit
Da Rogue ved et uheld udløser sin mutantkraft og absorberer en lokal drengs minder, styrker og evner, drager X-Men til Mississippi for at rekruttere hende. Men Mystique er også ude efter hende og er ikke indstillet på at lade hende blive en del af X-Men, så Destiny og Mystique skynder sig at opsøge Rogue for at overbevise hende om, at X-Men jagter hende. Til sidst slutter hun sig til Broderskabet.
EPISODE 4
Mutant Crush
Fred Dukes (Blob), en tidligere gøgler fra Texas, bliver rekrutteret af Mystique til Bayville Highschool. Men hans iltre temperament og omfangsrige krop forhindrer ham i at få de nødvendige venner. Dog hjælper Jean Grey ham med at finde rundt på skolen, men tingene bliver kun værre, da han opfatter det som et udtryk for kærlighed.
EPISODE 5
Speed & Spyke
Evan Daniels, Ororo Monroe/Storms nevø, demonstrerer sin mutantevne til at få spidse knogler til at stikke ud af sin krop. Selv om Daniels kender til sine kræfter, vil han i starten ikke være en del af X-Men. Men da en af hans tidligere holdkammerater fra basketballholdet, Pietro Maximoff (Quicksilver), bliver ved med at stjæle hans penge (og skabe alle mulige problemer for ham), accepterer Evan tilbuddet i håb om at kunne give igen til sin tidligere ven.
EPISODE 6
Middleverse
En dag flyder bægret over, da Kurts barnlighed endnu en gang kolliderer med Scotts alvorlige natur. Senere kommer Kurt (i sin sande form) ved et uheld til at aktivere en enhed, der overfører ham til en parallel dimension. Her møder han Forge, som har været fanget der siden 70'erne, og sammen udtænker de en plan, der skal få dem hjem til deres egen dimension. Situationen bliver indviklet, da de andre X-Men opdager enheden, og Broderskabet forsøger at stjæle den.
Kirby Morrow
Meghan Black
Brad Swaile
Maggie O'Hara
Venus Terzo
Neil Denis
David Kaye
Scott McNeil
Kirsten Williamson
Colleen Wheeler
Richard Ian Cox
