X-Men

Jubilee angribes af robotter ved navn Sentinels i et lokalt indkøbscenter, men reddes af Storm og Rogue og føres i sikkerhed i X-Mansion. X-Men opdager, at gruppen, der driver Mutantregistrationsprogrammet vil spore og udslette mutanter. Senere finder X-Men Sentinels base og infiltrerer den for at ødelægge filerne om mutanter. Afsnittet ender i en cliffhanger, da Storm åbner døren til et lokale, hvor mange bevæbnede soldater gemmer sig i baghold for X-Men.

Wolverine lugter soldaternes våbenolie og lukker hurtigt døren, før soldaterne skyder. Storm kaster vagterne væk med sine vindkræfter. Efter at ødelægge filerne om mutanterne flygter X-Men til Blackbird, men stoppes af Sentinel-robotterne. Under kampen skydes Morph og antages at være død. Mens Beast bliver skudt imod hegnet og får stød og bliver fanget, trækker resten sig tilbage til Blackbird efter Cyclops ordrer. Jubilee beslutter, at det er bedst at blive i X-Mansion.

Efter Beasts retssag kræver Sabertooth, at Beast bliver løsladt, hvilket får vagterne til at skyde og såre Sabertooth. Cyclops hjælper Sabertooth og tager ham med på herregårdens infirmeri. Senere angriber Magneto en militær missilbase. Da X-Men ankommer, er Magneto ved at forberede en affyring af atommissiler for at sikre en krig mellem mutanter og mennesker. Cyclops, Storm og Wolverine kæmper mod Magneto, men kan ikke stoppe ham. Senere bruger Storm sine vind- og lynkræfter til at kortslutte missilerne, så de styrter ned i havet. Efter at have forhindret atomkrig vender X-Men hjem med ny viden om Magnetos kræfter.

Magento ødelægger en kemisk fabrik for at tiltrække Professor X. Cyclops, Rogue, Storm og Professor X tager til fabrikken, mens Jubilee bevogter Sabertooth. Professor X træder ind på fabrikken for at konfrontere Magneto. Lige da Magneto lader til at besejre Professor X, tvinger Professor X telepatisk Magneto til at huske sin ungdom. Magneto trækker sig tilbage i panik. Hjemme i X-Mansion brøler Sabertooth i afsky ad senatoren i tv, og Jubilee bemærker et problem med lænkerne. Jubilee løsner båndene, og Sabertooth fanger Jubilee, men Wolverine springer ud af skyggen og angriber ham. Kampen afbrydes, da Professor X og de andre X-Men kommer hjem.

En gruppe mutanter ved Morlocks fanger Jean og Cyclops, da de går ud. Morlocks' leder Callisto bortførte Cyclops, så han kunne herske Morlocks ved hendes side. Jean bruger sine telepatiske evner og fortæller Professoren, at de er blevet fanget. Wolverine, Gambit, Rouge og Storm søger efter dem. Da X-Men finder Jean og Cyclops, udfordrer Storm Callisto for lederskabet over Morlocks for at redde Cyclops og Jean. Callisto har intet andet valg end at acceptere udfordringen. Efter en kort kamp besejrer Storm Callisto og bliver Morlocks nye leder, men efter at have reddet Jean og Cyclops, gør hun Callisto til leder i sit fravær.

Wolverine flygter til Canada for at søge fred i den canadiske vildmark. Han finder fred blandt en gruppe inuitter på Baffin Island, blot for at opdage at Sabertooth har forfulgt ham og har taget landsbyens folk til fange og planlægger at dræbe dem alle. Wolverine besejrer Sabertooth og redder landsbyboerne. Hjemme i X-Mansion fortæller Gambit X-Men, at han hørte, at folk i Genosha tager imod mutanter, og han vil tage på ferie med holdet der. Professor Xavier sender Storm, Gambit og Jubilee til Genosha som turister. I Genosha bliver Storm, Gambit og Jubilee angrebet og fanget af en Sentinel.