Un grupo de misteriosos ninjas voladores llegan desde más allá del océano para lanzar un ataque sorpresa a la Villa de la Hoja, dejando a su paso un reguero de destrucción. Se descubre que son ninjas provenientes del País del Cielo, una nación que se creía destruida a manos de la Hoja hace muchos años. Para salvar su villa, Naruto y sus amigos deberán detener esta nueva amenaza.