En las Islas Naranja, muy al sur de Kanto, un coleccionista llamado Lawrence III tiene un siniestro objetivo: capturar a los legendarios Pokémon Articuno, Zapdos y Moltres para intentar despertar a Lugia, ¡el gran guardián del agua! Cuando llegan Ash y sus amigos, los isleños le piden a Ash que recupere una bola de cristal de cada una de las tres islas. Cuando el clima en todo el mundo se descontrola, queda claro que la captura del trío legendario ha llevado a que el medio ambiente se desequilibre. Con la ayuda de Lugia, ¿podrá Ash encontrar las bolas, restaurar el equilibrio y ser el “elegido” al que todo el mundo recurre?