John M. Jackson

En este inicio de temporada fascinante que retoma la historia momentos antes del tenso final de la temporada anterior, la inspectora Beckett lucha por su vida mientras Castle, sintiéndose culpable por su papel en los acontecimientos, trata de descubrir quién tramó ese tiroteo brutal. Mientras, en la comisaría, Ryan y Esposito tienen que adaptarse a Victoria "La dama de hierro" Gates, la nueva e inflexible capitana de la comisaría.

Las quejas de las enfermeras por los flirteos del doctor Caliente dan lugar a una nueva política en la que el personal ha de informar de sus relaciones con compañeros. Al enterarse de los últimos logros profesionales de Burke, Cristina debe enfrentarse a sus sentimientos por su ex. Meredith y Derek incluyen a un soldado veterano en su ensayo clínico. Callie recurre a Sloan en un momento de necesidad.

Brennan y Booth descubren en un coche donde hallaron el cuerpo quemado de una mujer que hay indicios de que también secuestraron a su hijo, lo que les hace sospechar del padre, Carl Decker. Sin embargo, todo se complica al descubrir que Decker está en protección de testigos. En dos días testificará ante a un gran jurado que su empresa ha estado enviando protectores corporales defectuosos a Irak.

El agente especial del FBI Seeley Booth acude a la doctora Temperance Brennan para que les ayude cuando encuentran un cuerpo descompuesto en un callejón de la zona y no concluyen cuál es la causa de la muerte. Conforme Brennan intenta descubrir si se ha cometido un asesinato, los detalles del caso cada vez la atraen más. Está decidida a ayudar a Booth a encontrar al asesino del chico.

El condenado a muerte Howard Epps será ejecutado por inyección letal en 32 horas por el asesinato de April Wright, de 17 años. La abogada de Epps, Amy Morton, presenta una apelación en el último minuto a Booth, quien arrestó a Epps, para que reabra el caso. Booth cree que Epps es culpable, pero es consciente de que se quedaron varios cabos sueltos en el caso.

Tras encontrar un cuerpo sujetando el hueso de un dedo de 300 años de antigüedad, la investigación conduce a Booth y a Brennan a una zona de buceo en la costa de la isla Assateague, donde podría estar enterrado el tesoro de un pirata. Hodgins se emociona por poder salir del laboratorio y participar en la inmersión para descubrir más restos de esqueletos. Estos son auténticos, pero descubren que algunos de ellos fueron robados de la colección del Jeffersonian. Los investigadores sopesan la posibilidad de que los restos de esqueleto los haya colocado en ese lugar subacuático un sospechoso inesperado con un móvil egoísta. Sin embargo, tras encontrar asesinado al sospechoso, una nueva pista lleva a la pareja a buscar al propietario del pozo. Hodgins, emocionado por formar parte del caso, se ofrece voluntario para volver a sumergirse en el pozo, pero Brennan y Booth corren a salvarlo de una muerte subacuática cuando descubren quién está detrás de todo.