Joseph Ruskin

En la azotea del edificio federal, encuentran un cadáver mutilado, quemado y colgado como un espantapájaros. Booth y Brennan acuden a identificar los restos calcinados e investigar quién podría ser el autor de los hechos. Según diversos factores, Booth cree que la víctima era un informador relacionado con una mafia. El hermano de Brennan, Russ (la estrella invitada Loren Dean), le cuenta que ha recibido una llamada misteriosa de su padre desaparecido para advertirle de que están en peligro. Un cura (la estrella invitada Ryan O'Neal) contacta con Brennan para dejarle también un mensaje de su padre insistiendo en que tanto ella como Booth deben abandonar el caso. Ambos concluyen que la víctima es el exagente del FBI Garrett Delaney, el cual andaba tras Russ y planeaba matarlo, lo que aumenta la veracidad de la advertencia de su padre. Se desvelan más pistas y una conspiración gubernamental, lo que causa que Booth y Brennan descubran quién está detrás del homicidio de Delaney. Booth se ve obligado a tomar una de las decisiones más importantes de su carrera con implicaciones personales. Mientras tanto, Zack debe defender su doctorado como último paso para terminarlo, pero necesita que Angela le ayude para conseguir que lo tomen en serio.

Mientras va con los paramédicos, Carter conduce la ambulancia entre los disturbios para volver al hospital y atropella a un joven por accidente. Reggie y el doctor Baker persiguen a Jeanie.

La tripulación del Enterprise aprovecha la oportunidad de conseguir la independencia de los humanos; primera parte.

Sydney y Dixon deben ir a un club nocturno de París, donde Sark entregará la ampolla a Khasinau. Dixon tiene que robar unas páginas de un manuscrito de Rambaldi. El mundo de Will comienza a derrumbarse mientras indaga más sobre el SD-6 y Dixon comienza a dudar de los actos de Sydney.

Sydney debe decidir si el gesto de buena voluntad de su madre ha sido sincero o un intento de hacer que mataran a su hija. Mientras, Sloane recupera un disco de chantaje, lo que le da ventaja al SD-6 para descubrir los secretos de la madre de Sydney. Will ve a Francie discutir unos planes sobre su restaurante con un hombre cuyas conexiones son cuestionables. Sloane pasa a formar parte de la malévola Alianza de los Doce.