Durante la investigación del asesinato de tres médicos idénticos, Mulder descubre algo increíble sobre su hermana desaparecida y un cazarecompensas cambiaformas amenaza la vida de Scully.
Mientras busca al implacable cazarecompensas que secuestró a Scully, Mulder descubre un plan alienígena para colonizar la Tierra.
La parte II profundiza en el plan de híbridos alienígenas y la desaparición de la hermana de Mulder.
Mulder y Scully descubren una conexión espeluznante entre un encubrimiento de OVNIs y experimentos secretos del gobierno.
Mientras un místico nativo americano intenta curar a Mulder, Scully busca archivos secretos sobre experimentos alienígenas y se convierte en el objetivo de un asesino.