El cura del cementerio
Una inundación en medio de la noche en el histórico cementerio de la iglesia de St. Agatha hace que decenas de ataúdes salgan al descubierto, al igual que los cadáveres de su interior. Brennan acude al lugar para identificar los restos y así permitir volver a enterrarlos. El padre Matt, un cura recién llegado, les comunica a Brennan y a Zack que el último entierro que tuvo lugar en ese cementerio fue hace cincuenta años, pero Brennan encuentra un cráneo que lleva menos de cinco enterrado, lo que les hace pensar que lo enterraron ahí para encubrir un asesinato. A pesar de que el malhumorado padre superior Donlan se opone, Brennan y Zack consideran el camposanto una escena del crimen. Se llevan los restos al Jeffersonian, donde Booth se ofende por la falta de respeto de Brennan hacia sus creencias religiosas y las del resto de la gente. Ambos intentan volver a ponerse en sintonía, pues no lo consiguen desde que Sully se marchó. Booth convence a Brennan para que vaya con él a ver a su terapeuta, el doctor Wyatt (la estrella invitada Stephen Fry). Espera que Wyatt pueda ayudarlos con su relación para así volver a como estaban antes. Mientras tanto, el romance entre Hodgins y Angela va viento en popa, lo que anima a Hodgins a querer dar un paso más en su relación, lo que pilla a Angela desprevenida. Booth y Angela vuelven a la iglesia a repartir unos bocetos de la víctima anónima del cementerio, y un joven feligrés identifica el boceto como el del párroco que había antes de que llegara el padre Matt. Este cae enfermo de manera misteriosa, y Brennan y Booth intentan desentrañar los detalles de la desaparición del cura asesinado. Tienen que descubrir quién está jugando a ser Dios arrebatando vidas con sus propias manos.