Stephen Fry

La familia Bancroft, principal donante del Jeffersonian, acude a Brennan, Booth y al equipo para que investiguen la muerte de Terence Bancroft, al que encontraron muerto en casa atado a la silla de su escritorio y cruelmente apuñalado. El equipo comprueba que el cuerpo llevaba ahí al menos un mes. Booth interroga a Clarissa, la mujer de Terence, mientras que el equipo traslada el cuerpo y el resto de pruebas al Jeffersonian para seguir con su búsqueda. Hodgins retira una foto de él con la víctima de las pruebas oficiales para que el resto no la vean a sabiendas de que eso lo implicaría en el caso. Cuando se lleva el caso a juicio y descubren que Hodgins está implicado, se pone en duda la reputación del Jeffersonian, lo que obliga a Brennan a tomar una importante decisión sobre su equipo. El psiquiatra Gordon Wyatt le permite a Booth volver a llevar su arma y retomar su trabajo, pero le deja claro que debe seguir yendo a sus sesiones por otras razones secundarias, las cuales podrían estar afectando al juicio de Booth y a su labor de investigación. Mientras tanto, el agente Sullivan invita a Brennan a uno de sus partidos de baloncesto y las chispas empiezan a saltar entre ellos.

Le retiran la pistola a Booth después de que disparase sin piedad a un adorno de un payaso en un camión de helados. Le obligan a visitar a un psiquiatra del FBI para comprobar que es mentalmente estable y devolverle la pistola. Eso deja a Brennan sola en Florida investigando la muerte de una universitaria cuyo cadáver fue encontrado en el interior de un cocodrilo muerto. Como Booth está fuera de servicio durante ese período, su compañero en el caso es el agente del FBI Tim Sullivan. A pesar de que es simpático, ambos no se entienden muy bien y tienen muchos roces desde el primer momento. Brennan está deseando que Booth vuelva al trabajo. Llevan al cocodrilo al Jeffersonian y el equipo concluye que la víctima es la universitaria Judy Sloan, la cual llevaba varias semanas desaparecida. Mientras que el equipo trabaja para descubrir las circunstancias que llevaron a la chica a acabar así, Brennan se da cuenta de que Sullivan le atrae más de lo que quiere admitir. Mientras tanto, Booth acude a varias citas con el psiquiatra del FBI, el doctor Gordon Wyatt, un inglés peculiar que lleva las "sesiones" en el patio trasero de su casa y que le propone una tarea poco ortodoxa a Booth. Muy perspicazmente, consigue hacerle hablar sobre las verdaderas razones de Booth para atacar al payaso.

Cuando la CIA se ve obligada a hacer recortes, Stan es transferido a una universidad para trabajar como guardia de seguridad. Se lo toma como unas vacaciones de su trabajo estresante en la CIA y solo se preocupa por relajarse, pero la situación se complica y deriva en un enfrentamiento contra una muchedumbre de universitarios. En casa, Roger abre un hotel para compensar las pérdidas económicas de la familia, pero las cosas se ponen difíciles cuando atienden a un cliente exigente e intentan ganar una reseña positiva.

Booth, aún convaleciente por los efectos de la cirugía cerebral, debe volver a superar las pruebas de tiro del FBI, pero ya no tiene tanta puntería como antes de la operación. Mientras tanto, el equipo del Jeffersonian investiga los restos de una persona pequeña hallados en un sumidero. La víctima, Bryce DaFonte, también conocido como "el leprechaun de hierro", competía en una famosa liga de lucha libre, pero parece ser que esta popularidad también le creó unos cuantos enemigos. Entre ellos, rivales resentidos y algunas amantes despechadas. Cualquiera podría haber sido el causante de su final.

Una inundación en medio de la noche en el histórico cementerio de la iglesia de St. Agatha hace que decenas de ataúdes salgan al descubierto, al igual que los cadáveres de su interior. Brennan acude al lugar para identificar los restos y así permitir volver a enterrarlos. El padre Matt, un cura recién llegado, les comunica a Brennan y a Zack que el último entierro que tuvo lugar en ese cementerio fue hace cincuenta años, pero Brennan encuentra un cráneo que lleva menos de cinco enterrado, lo que les hace pensar que lo enterraron ahí para encubrir un asesinato. A pesar de que el malhumorado padre superior Donlan se opone, Brennan y Zack consideran el camposanto una escena del crimen. Se llevan los restos al Jeffersonian, donde Booth se ofende por la falta de respeto de Brennan hacia sus creencias religiosas y las del resto de la gente. Ambos intentan volver a ponerse en sintonía, pues no lo consiguen desde que Sully se marchó. Booth convence a Brennan para que vaya con él a ver a su terapeuta, el doctor Wyatt (la estrella invitada Stephen Fry). Espera que Wyatt pueda ayudarlos con su relación para así volver a como estaban antes. Mientras tanto, el romance entre Hodgins y Angela va viento en popa, lo que anima a Hodgins a querer dar un paso más en su relación, lo que pilla a Angela desprevenida. Booth y Angela vuelven a la iglesia a repartir unos bocetos de la víctima anónima del cementerio, y un joven feligrés identifica el boceto como el del párroco que había antes de que llegara el padre Matt. Este cae enfermo de manera misteriosa, y Brennan y Booth intentan desentrañar los detalles de la desaparición del cura asesinado. Tienen que descubrir quién está jugando a ser Dios arrebatando vidas con sus propias manos.