Ama a su familia y tiene buenos amigos. A veces ríe, a veces llora. Los días de Madoka Kaname, una estudiante de segundo año de la escuela secundaria, transcurren tranquilamente, uno detrás de otro. Hasta que una noche, Madoka tiene un sueño muy extraño. Y entonces, comienza un nuevo día. Debería haber sido como los demás, pero no lo es.

Con la intención de ayudar a Kuubei, atacado por Homura, Madoka y Sayaka acaban envueltas en una atmósfera misteriosa. Sumidas en una pesadilla sin escapatoria, las dos amigas reciben la auuda de Mami Tomoe, una Puella Magi. Una vez en su casa, Mami les aclara los detalles de estas circunstancias tan inusuales.

Madoka y Sauaka comienzan a acostumbrarse a las lecciones prácticas de la caza de brujas. Pero no tienen clara una cuestión de fundamental importancia como es la del deseo. El pasado de Mami, que nunca se da por vencida, aclara las ideas de las dos amigas.

Es el día después de la heroica lucha de Mami contra las brujas. La vida ha vuelto a su faceta cotidiana normal u pacífica. Madoka y Sayaka han visto con sus propios ojos lo que implica la derrota de una Puella Magi y finalmente han tomado conciencia de lo grave que es ponerse en contacto con el mundo de la magia. Han tomado una decisión, los das amigas renuncian a convertirse en Puellas Magis.

Tras decidir convertirse en Puella Magi, Sauaka salva a Madoka u a Hitomi de las garras de una bruja. Gracias al trato con Kyubey, Sauaka hace realidad su mayor deseo, lo que parece expulsar de su mente cualquier otra inquietud: no, no se arrepiente lo más mínimo de la decisión que ha tomado. Al contrario que Madoka, a la que le asaltan las dudas.

Homura aparece de repente en medio del enfrentamiento entre Sayaka y Kyoko. Como árbitro de la contienda, derriba a Sayaka con un único gesto y lanza una advertencia a su rival antes de abandonar el campo de batalla. Al día siguiente, Sayaka y Madoka van en busca del familiar que dejaron escapar a causa de Kuoko.