Una noche un estudiante llamado Yasaka Mahiro es atacado por un misterioso monstruo. En ese momento de necesidad, una chica de pelo plateado y ojos verdes acude en su ayuda. "Soy el caos que repta hacia ti con una sonrisa, Nyarlathotep!". Es la deidad de los Mitos del Cthulu, y dice que ha venido para proteger a Mahiro. Sin embargo, acaba viviendo en casa del muchacho y se dedica a ir a tiend...

Un nuevo día, un nuevo ataque de los misteriosos monstruos de Nightgaunt, y otra victoria para Nyaruko y su CQC espacial. Para derrotar a todos los enemigos de una vez, Nyaruko y Mahiro se dirigen a la base de los mismos en R'lyeh y al llegar allí se encuentran con Cthuga, la llama viviente.

Mahiro quiere vivir en paz, pero debido a que Nyaruko tiene peligros y amenazas constantes que le llegan no podrá estar tranquilo por mucho tiempo.

La madre de Mahiro, finalmente llega a casa, y se encuentra con dos extraterrestres en su sala. ¿Cómo resultarán estos encuentros inesperados para Mahiro?

Un nuevo peligro llega a la casa de los Yasaka, esta vez poniendo en peligro a la madre de Mahiro. Los dioses malignos se ponen en marcha para solucionar esto a su estilo particular.

Mahiro va en busca de su madre, pero se encuentra con una gran sorpresa, ¿Podrán llevarla a salvo a casa?