Ben ja hänen muukalaissankariminänsä haastavat tohtori Animon, sekopäisen ja kostonhaluisen tieteilijän, jolla on aseenaan DNA-muunnin. Animo tekee muuntimella tavallisista eläimistä hirviöitä ja laskee henkiin herättämiään dinosauruksia Washington DC:n kimppuun. Samaan aikaan Ben tajuaa, että sankaruudessa on kyse muustakin kuin hyvien tekojen palkinnoista.

Ben tapaa järvenrannan leiripaikalla sattumalta Loch Ness -tyylisen merihirviön nimeltä Krakken. Lopulta Ben löytää oikean uhan: ilkeä salametsästäjä Jonas ja hänen huipputeknologiaa käyttävä syvänmeren varasjenginsä ärsyttää Krakkenia vaanimalla sen munia.

Vierailulla iäkkään sukulaisensa luona isoisä, Gwen ja Ben huomaavat, että eläkeläisten asuinalue on joutunut muotoaan muuttavien muukalaisten temmellyskentäksi!

Ben joutuu kolmen ulkoavaruudesta tulevan palkkionmetsästäjän jahtaamaksi, kun Vilgax on päättänyt kaapata prototyypikellon itselleen. Väkevät palkkasoturit tarjoavat Benin sankarisikermälle ensimmäisen kunnon haasteen. Onneksi kaksoisagentti Hoverboardin tehtävä on varmistaa Omnitrixin pysyminen hyvissä käsissä. Hoverboard ei ole riemuissaan, kun Ben käyttää galaksin voimakkainta asetta leluna.

Benin kuje kääntyy häntä itseään vastaan hänen vapauttaessaan Megawhattin, tuhoisan sähköenergiasta muodostuvan hirviön.

Riideltyään Maxin kanssa Ben lähtee kaupunkiin yksin ja tapaa pojan, jolla on kyky imeä itseensä energiaa – myös Omnitrixin voiman.