S3, E1: C’est le début de l’automne et Beckett n’a toujours pas de nouvelles de Castle. En enquêtant sur le meurtre d’une prof de Chimie, elle se rend dans un appartement et découvre Castle, une arme à la main, au dessus d’un cadavre. Après l’avoir interrogé, elle reçoit des preuves indiquant qu’il n’a rien à voir dans le meurtre. Castle était là parce que la victime, Maya, l’avait appelé pour lui demander de l’aide. Mais Beckett le renvoie chez lui parce qu’elle est très vexée qu’il ne l’ait pas appelée alors qu’il était rentré des Hamptons. Beckett poursuit l’enquête et se rend chez un suspect potentiel, mais la encore, elle trouve Castle penché au dessus du cadavre de Todd McCutchin, un vendeur de distributeur. Castle explique à Beckett qu’il a enquêté de son coté. Beckett accepte de le reprendre uniquement pour cette affaire. Les indices les mènent à un cabaret clandestin, dans lequel les trois victimes travaillaient, et Castle finit par comprendre que les victimes avaient mis au point une affaire de faux billets et qu’ils ont été tués par la patronne du cabaret, qui était aussi dans le coup.