S1, E3: Des messages étranges poussent Cameron Hicks à se rendre sur le toit d’un immeuble où il exécute un tir exceptionnel pour tuer un prisonnier fédéral en plein interrogatoire. L’équipe des Alphas, dirigée par le Docteur Lee Rosen et sous l’égide du Département de la Défense, est amenée à enquêter. Ces « Alphas » sont un groupe d’hommes et de femmes dotés d’aptitudes hors du commun dues à une transformation du cerveau humain. L’équipe découvre vite que Hicks s’est fait manipuler par un Alpha dit « le fantôme », qui serait lié à une organisation appelée Drapeau Rouge que le Docteur Rosen pensait avoir éradiquée et qui fait intervenir d’autres Alphas pour commettre des crimes.