Chaque année, la ville d’Alto Mare organise une course spéciale de Pokémon de type Eau à travers ses canaux, et cette fois, Sacha et Ondine y participent ! Même s’il ne gagne pas, Sacha se lie d’amitié avec une mystérieuse fille qu’il sauve de deux bandits. Mais ce n’est pas n’importe quelle fille : il s’agit en fait du Pokémon légendaire, Latias ! Sacha a l’occasion de jeter un œil dans la maison secrète de Latias et de son frère, Latios, mais cet endroit paisible est menacé par les bandits rencontrés auparavant, Annie et Oakley, qui recherchent à la fois un Pokémon légendaire et un mystérieux joyau appelé La Rosée d’Âme. Ces éléments combinés leur permettront de contrôler une machine puissante qui, normalement, protège face au danger. Mais lorsque la machine tombe en panne, cela met en danger non seulement Latias et Latios, mais aussi toute la ville d’Alto Mare !