Callie Thorne

Watson a évoqué Irène, entraînant le mutisme de Sherlock, et cherche à en savoir plus sur cette mystérieuse femme en se rendant au centre de désintoxication où il a séjourné. Un double homicide, similaire à des meurtres commis en 1999, attire alors l'attention de l'enquêteur-consultant, persuadé que l'homme, arrêté à l'époque, par Gregson est innocent.

Scofield manque de se faire prendre au jardin botanique où il allait récupérer de l'explosif qu'il avait caché. Il apprend que Mahone a récupéré son disque dur et s'en sert pour le retrouver. Scofield enquête sur Mahone, et va interroger sa femme, se faisant passer pour un agent d'une enquête interne du FBI. Sara comprend ou est le point de rendez-vous avec Scofield et part pour le Nouveau-Mexique. C-Note retrouve ses copains de son ancien gang, et organise avec eux de retrouver sa femme et sa fille malgré le FBI. Burrows et son fils continuent leur route pour retrouver Scofield, mais ils se font repérer dans une gare.

Lincoln rencontre son père qui l'informe qu'il existe un moyen de prouver son innocence. Tandis que l'agent Mahone découvre une pièce cruciale du puzzle, T-Bag réussit à s'échapper et Kellerman torture Sara.

Michael, Lincoln et Kellerman vont au Montana pour trouver Terrence Steadman. Bellick a des gros problèmes avec les autres prisonniers de Fox River. C-Note passe la journée seul avec sa fille et T-Bag vient de retrouver la famille Hollander.

Alors qu'une bible de valeur a disparu, un parrain de la mafia demande de l'aide à Peter et au FBI pour la retrouver.

Après avoir fait des recherches sur Whistler, Michael est emmené dans un bâtiment. Mahone, Gretchen et Whistler arrivent en limousine et ce dernier entre pour récupérer une étrange carte appelée Scylla. Il en tue le propriétaire ainsi que son garde du corps puis va copier la carte mais Michael arrive et mélange les cartes. Gretchen arrive à son tour. Michael pointe une arme à feu sur elle alors que celle-ci lui apprend que Sara est en vie. Ils sortent du bâtiment, Michael appelle Linc et lui demande ce qu`il a vu dans la boîte. Celui-ci lui apprend que Sucre, Bellick et T-Bag sont sortis de Sona. Lors d'un rendez-vous avec Michael, Mahone partagent ses informations concernant Sara. Whistler est abattu par Wyatt, le tueur à gages. Michael est arrêté par des policiers alors qu`il discutait avec Bruce Bennet. Il est finalement conduit chez un agent fédéral, Don Self.