Après une poursuite, une voiture de police transportant un suspect, le quartier maître Thomas Billings tombe dans un lac. Le policier s'en sort mais le suspect a réussi à s'échapper. Une grosse somme d'argent est retrouvée chez Billings, qui a volé de façon régulière des grenades fumigènes et des pistolets lance-fusées.
Kate enquête sur la mort d'une recrue de l'académie de police où elle a étudié. Elle remarque l'une des étudiantes qui lui rappelle la jeune recrue qu'elle était. Richard hésite à divulguer à Kate les informations qu'il a trouvées à Los Angeles. Sous la pression d'Hailey, Richard révèle finalement le contenu du film. Cela déçoit Kate, mais elle décide de continuer à enquêter sur Locksat en compagnie de Richard.
Un matin, Sydney, la sœur de Nell, débarque chez elle, et l'emmène boire un café, mais c'est un traquenard. Elle veut en fait que Nell aide un fugitif, André Martinez, recherché le même matin par le NCIS pour meurtre et trahison.
Riley et Maya sont les reines du collège pour cette nouvelle rentrée et elles ont un nouveau professeur d'histoire ! Pendant ce temps, madame Svorski demande à Tapenga de prendre sa relève au salon de thé.
Scorpion part en mission sur un site militaire abritant un missile nucléaire. L'Air Force a fait appel à leurs services pour réviser l'engin vieillissant, opération indispensable pour assurer sans danger son démantèlement imminent. Cependant, quand Happy laisse échapper une clé à cliquets qui tombe au fond du silo et perce le réservoir de propergol du missile, c'est un risque de catastrophe nucléaire qui devient imminent.