Le capitaine Kirk et deux hommes de l'équipage, partis en mission sur la planète Argeluis, se trouvent mêlés à une série de meurtres atroces, semblables à ceux de Jack l'éventreur. Ils sont persuadés que Scott est le meurtrier.
Le vaisseau Enterprise doit affronter une machine infernale qui erre dans l'espace et détruit tout sur son passage, vaisseaux et planètes. Ce faisant, le capitaine met en danger la vie de tout l'équipage.
Le capitaine Kirk et trois membres de l'équipage sont brusquement télétransportés sur un autre vaisseau, dans un autre univers. Leur retour sur l'Enterprise ne se fera pas sans aventures ni sans danger.
Le vaisseau Enterprise tombe sous l'emprise d'une force surnaturelle dont l'origine serait le dieu grec antique de la lumière et de la pureté. Celui-ci ne montre guère de sentiments empathiques pour les explorateurs des confins galactiques.
L'Enterprise croise la trajectoire de la navette S.S. Botany Bay, en dérive dans l'espace. Les 72 membres de l'équipage planent, comme endormis, à l'intérieur de l'appareil, dans l'attente d'être réveillés.