Après trois ans de négociations avec la Corée du Nord, le gouvernement américain a obtenu de récupérer le corps d'un soldat. Freddie, ancien compagnon d'arme de Steve lorsqu'il s'apprêtait à intégrer les Seals, est mort au combat lors d'une mission secrète. En découvrant que le corps de son ami n'est pas dans le cercueil, Steve et Catherine repartent en Corée du Nord.
Donna, Rebecca, Jack, Lou et Ray ont tous quelque chose en commun : ils sont morts. Brass et Catherine étudient le cas de Donna, ancien policier à San Francisco travaillant en noir comme garde du corps.
Cinq mois plus tard. Sydney quitte la CIA et rejoint une unité Black Ops appelée Personnel autorisé uniquement aux côtés de Dixon, Jack, Vaughn et...
Sydney fait équipe involontairement avec son père pour traquer un samouraï des temps modernes, nommé Kazu Tamazaki. Pendant ce temps, Nadia est de retour chez elle en Argentine et refuse de retourner dans le domaine de l'espionnage.