Sept années ont passé depuis que le Japon est sorti vaincu de la guerre l'opposant à l'empire de Britannia, et est devenu une colonie nommée zone 11. Lelouch mène une vie oisive et fréquente l'académie Ashford, une école pour Britanniens.

Des terroristes se manifestent dans le ghetto de Shinjuku. Parmi eux figure la jeune Kallen aux commandes d'un Glasgow. Lelouch intervient en utilisant le geass et tente de tirer Kallen et ses compagnons des griffes de l'armée de Britannia.

Lelouch retourne à l'académie Ashford après l'épisode du ghetto de Shinjuku et s'aperçoit que Kallen, membre d'un groupe terroriste, est dans sa classe. Kallen, elle, soupçonne Lelouch d'être la voix qui les a dirigés lors de la bataille précédente.

Lelouch réussit de nouveau à prendre contact avec Kallen sous l'identité de Zero. Elle n'a pas conscience que Lelouch et Zero ne font qu'un. Zero prête main forte à la jeune fille et ses compagnons afin de secourir un Suzaku.

L'armée de Britannia est bien décidée à capturer Zero. Au même moment, Lelouch rencontre à nouveau C.C., dans sa chambre, à l'académie Ashford. Il est perturbé de revoir cette fille supposée morte.

Suzaku est transféré à l'académie Ashford et y retrouve Lelouch après sept années de séparation. Eleven est de surcroît soupçonné un temps du meurtre du prince Clovis et reçoit un accueil glacial.