Alors que Yoda continue de former les jeunes Padawans aux techniques Jedi, il sent une perturbation dans la Force : Dark Sidious et le comte Dooku ont mis au point un plan diabolique pour renverser la République.

Dark Sidious semble sur le point de mener son terrible plan à terme. Il a mis au point l'arme suprême, un clone du nom de Jek, dont les supers pouvoirs pourront être reproduits à l'infini. Il peut ainsi créer une gigantesque armée de clone afin d'atteindre son objectif : détruire la République. Pendant ce temps, C-3PO demande à ne plus encadrer les Padawans en l'absence de Yoda. L'intérim va être assuré par Anakin Skywalker.

Dark Sidious n'a pas réussi à constituer son armée de clones. Les Jedi semblent sur le point de gagner la guerre, surtout qu'ils viennent d'apprendre que tous les grands seigneurs Siths sont réunis. Ils décident de lancer une attaque surprise mais c'est sans compter sur le redoutable Palpatine.

L’Etoile Noire vient juste d’être détruite, mais nos héros Luke, Leia, Han, Chewbacca et l’Alliance Rebelle n’ont pas le temps de se reposer ! L’Empire menace de nouveau et ils doivent vite réagir ! Mais Luke, apprenti Jedi, devenu une star pour avoir fait exploser l’Etoile Noire, découvre que la célébrité est un sabre laser à double tranchant ! Sa mission ultra secrète sur Naboo est mise en péril par une foule d’admiratrices en délire ! Pendant ce temps, la journée de Dark Vador commence mal et ne cesse de s’empirer avec l’arrivée imprévue du seigneur Sith, Dark Maul, qui perturbe sa relation avec son mentor, l’Empereur. Dans leur quête de prouver de quoi ils sont capables, Luke et Vador se heurtent l’un à l’autre et changent leur destin.

Une mauvaise décision de Luke conduit à sa capture et à celle de ses amis par Dark Vador. Yoda et le fantôme d'Obi-Wan estiment que le jeune jedi doit parfaire son entraînement.

Obi-Wan parle à Luc de l'existence des Holocrons Jedi et le presse d'aller sur Tatooine où ils ont été cachés pendant toutes ces années. Malheureusement pour Luke et ses amis, Dark Vador est également sur leurs traces.