जबकि वायुसेना फोर्स वन पर, एक नौसेना कमांडर मर जाता है। एनसीआईएस के एजेंट जांच अपने हाथों में लेने का फैसला करते हैं और सीक्रेट सर्विस एजेंट केट को भी मदद के लिए कहते हैं।

प्रशिक्षण अभ्यास के दौरान, एक नौसैनिक का पैराशूट नहीं खुलता और वह एक पार्क की गई गाड़ी से टकरा जाता है। एनसीआईएस टीम घटनास्थल में जाना होता है और यह निर्धारित करना होता है कि नौसैनिक की मौत आकस्मिक या हत्या थी या नहीं।

जब एक नौसेना कमांडर का शव किनारे पर दो ड्रग रनर के शव के साथ मिलता है, तो गिब्स यह मानने से इनकार कर देते हैं कि मारा गया नाविक गंदा था।

एनसीआईएस टीम की जांच तब होती है जब एक औपचारिक तलवार के साथ अपने सफेद कपड़ों में समुद्र के नीचे एक नाविक का शरीर मिलता है। उन्हें पता लगता है कि वह विज़ार्ड और योद्धा शैली वाले गेम खेलने का आदी था।

एक नौसेना के लेफ्टिनेंट जिनकी लगभग दस साल पहले गायब होने की खबर मिली थी, वो एक हिरण के शिकारी को मिले। जब एनसीआईएस टीम जांच के लिए घटनास्थल पर आती है, तो वे देखते हैं कि उनके शव को ममी बना दिया गया है।

एक एनसीआईएस एजेंट जो गिब्स के नीचे काम करता था, वो ऐसे मामले की जांच के लिए टीम की मदद मांगता है जहां विमान वाहक पर नाविक दवाओं की अधिक मात्रा से मर रहे हैं, लेकिन उनके द्वारा किसी भी तरह की नशीली दवाओं के दुरुपयोग का कोई मामला नहीं है।