निंजा गुप्त रूप से दुष्टों का सफ़ाया करते हैं। गोकुडो एकाकी बहिष्कृतों से अपराध करवाते हैं। सदियों पुरानी शत्रुता वर्तमान में पुनर्जागृत होती है। निंजा शिनोहा की भेंट किवामी से होती है, जो बिजनेसमैन के भेष में एक गोकुडो है। एक दूसरे की असलियत से अनभिज्ञ, वे, कॉमिक्स के प्रेमी, दोस्त बन जाते हैं। लेकिन निंजा और गोकुडो की शत्रुता बढ़ रही है। किसकी जीत होगी और कौन नष्ट हो जाएगा, निंजा या गोकुडो?