Durante un appostamento con la polizia, il compagno di Torres scompare misteriosamente; l'indagine che ne segue porta l'NCIS a scoprire nuove prove legate a un omicidio di dieci anni prima.
Coulson scopre il vero piano del Generale Hale, e potrebbe esserci la fine del mondo se lo S.H.I.E.L.D. non l'aiuta.