Aharon Ipalé

Nel suo nuovo ruolo di agente doppiogiochista per la CIA, Sydney - ancora in lutto per la recente morte del suo ragazzo Danny - è decisa a distruggere l'SD-6 nel giro di poche settimane. Tuttavia, scopre presto che l'SD-6 è molto più grande e più potente di quanto avesse immaginato. Will trova un primo misterioso indizio nell'omicidio del fidanzato di Sydney.

Sloane manda Sydney e Dixon a Madrid per rubare un forziere. La cassa contiene la bozza di un codice digitale risalente alla fine del XV secolo redatto da un filosofo di nome Milo Rambaldi. Seguendo la pista delle opere di Rambaldi, Sydney si trova faccia a faccia con il suo arcinemico, Anna Espinosa. Nel frattempo, l'indagine di Will sulla morte di Daniel Hecht lo porta a credere di aver scoperto qualcosa di molto più grande di un semplice omicidio.

Quando il padre di Sydney le salva la vita in una missione all'Avana, lei è colpita dalle sue abilità di agente. Ma nel momento in cui viene a sapere da Vaughn che Jack è stato un sicario responsabile della morte di molti agenti della CIA, i suoi sentimenti sono confusi. Sydney mette in campo gadget tecnologicamente avanzati, e il suo fascino personale, in una missione ad Atene.

Jack deve salvare Sydney, che Sloane ha ordinato di torturare e uccidere per il sospetto di essere una spia dell'SD-6. Per farlo, Jack deve rischiare la vita. Nel frattempo, Sydney racconta a Vaughn del suo lavoro all'SD-6. Will, ascoltando un'audiocassetta dell'omicidio di Eloise Kurtz, sente per la prima volta parlare di "SD-6".