Booth e Brennan si recano in New Mexico per indagare su un corpo trovato nel deserto di Roswell. Intanto al laboratorio viene rivelata la storia tra Angie e Wendell.
Mulder e Scully divengono il bersaglio di una campagna di disinformazione quando tentano di rintracciare il trasporto governativo segreto di una forma di vita aliena.
Mentre analizzano la videocassetta dell'autopsia di un presunto alieno, gli agenti scoprono quella che sembra essere la prova tangibile di un contatto del governo con gli extraterrestri.
Mentre tenta di svelare un piano del governo per creare un ibrido alieno/umano, Mulder ottiene sorprendenti nuove informazioni sul rapimento di sua sorella.
Mulder e Scully scoprono un collegamento agghiacciante tra un insabbiamento UFO e gli esperimenti segreti del governo.