Izzie affronta il passato trovando sostegno in George. Alex si avvicina a Jane Doe. Meredith e Derek hanno dei dubbi sulla loro situazione. Cristina decide di lottare per la sua relazione con Burke.
Booth apre un'inchiesta ufficiale sulla morte dei genitori di Bones.
Reid conduce un'indagine sull'omicidio di un bambino avvenuto anni prima, convinto che il caso sia collegato alla sua stessa infanzia.
Andy organizza una festa in giardino alla fattoria Schrute – le guest star sono Josh Groban, Stephen Collins e Dee Wallace.
Mentre la vita di Buck è appesa a un filo, sogna un mondo in cui non è mai diventato un vigile del fuoco, nel bene e nel male.