La morte di un tenente comandante sembra essere un suicidio, ma la squadra dell'NCIS trova delle prove che corrispondono a un omicidio. Lo psicologo operativo Nate Getz si unisce all'agente speciale Kensi Blye sul campo.
Mentre la Five-0 indaga sull'omicidio di un uomo avvenuto su un mercantile assaltato da pirati fintisi agenti della Guardia Costiera, Adam finalmente ottiene le prove di cui ha bisogno per sgominare la Yakuza sull'isola una volta per tutte.
La nipote di Grover, Siobhan, scompare dall'accademia di polizia e il suo fidanzato si rivela essere un membro sotto copertura della Yakuza. Adam potrebbe essere la sua unica salvezza.
Quando la ragazza di Adam, Tamiko, viene rapita davanti ai suoi occhi, lui taglia fuori la Five-0 e infrange ogni regola per salvarla. Intanto, il team indaga su tre omicidi apparentemente non collegati.
La Five-0 indaga su un elicottero turistico che è stato abbattuto da un missile e riconduce l'artiglieria rubata a un fantasma del passato di McGarrett, Wo Fat.