Alla vigilia della cena di prova del matrimonio viene scoperta una minaccia nei confronti di Mario e Lee, e Carmine Falcone chiede aiuto a Gordon. Intanto, Nygma cerca vendetta e Bruce scopre di più sulla Corte dei gufi.
A causa degli effetti di un recente incidente, Barnes comincia a impazzire. Nel frattempo, Nygma non sa che fare con la sua relazione con Isabella (la guest star CHELSEA SPACK) e Carmine Falcone (la guest star JOHN DOMAN) organizza una festa di fidanzamento per Lee e Mario (la guest star JAMES CARPINELLO).
Gordon e Bullock si insospettiscono di Barnes e analizzano le prove dell'omicidio alla festa di fidanzamento di Lee e Mario. Non avendo notizie di Isabella, Nygma si reca da Pinguino. Intanto, Ivy rivela la sua identità a Selina e Bruce, ma ciò li mette subito nei guai.
Nell'episodio iniziale della terza stagione, Gordon lavora come cacciatore di taglie in una Gotham afflitta da mostri, mentre cerca risposte sui fuggitivi della Indian Hill, tra cui il sosia di Bruce.
Mentre il rapporto tra Pinguino e Nygma progredisce, il Cappellaio Matto posa lo sguardo sulle sue prossime vittime, costringendo Gordon (BEN McKENZIE) a prendere alcune decisioni difficili. Un volto familiare fa ritorno nella vita di Nygma.
