Oleg Taktarov

Jenny muore durante una sparatoria e Tony si sente responsabile per averla lasciata sola. Gibbs si mette in contatto con Franks e scopre che Jenny è morta nel tentativo di salvarlo. Nel frattempo il vice Direttore Vance prende il comando dell'unità.

Shepard scopre che la vittima designata di una missione compiuta in passato da lei stessa insieme a Gibbs, sta cercando di ucciderli. Non informa Gibbs e decide di risolvere la questione con l'aiuto di Mike Franks.

Sydney cerca di ricomporre gli ultimi due anni della sua vita e scoprire che cosa ne è stato dei suoi amici e familiari. Fatica ad affrontare una realtà che per lei è aliena e spaventosa. Il viaggio di ritorno, per Sydney, inizia dialogando con Vaughn sul suo matrimonio e venendo a conoscenza della tragica sorte di Jack e Sloane. Nel frattempo, Sydney è autorizzata dalla CIA a intervenire in un caso che potrebbe aiutarla a recuperare la memoria.