Terrance O'Quinn

Gibbs rischia la sua carriera quando il suo ex comandante viene accusato di sottrare fondi.

Sydney comincia a dubitare da che parte stia realmente Vaughn quando scopre grazie all'agente della CIA Yeager che è indagato dall'Agenzia. Nel frattempo, Irina e un cruciale manoscritto di Rambaldi vengono usati come esca per cercare di catturare Sloane; Sydney dà il benvenuto a Dixon alla CIA.

Sydney deve prendere una decisione cruciale sul suo futuro nell'agenzia, mentre Sloane si rifà vivo per riprendere la sua ossessiva missione di recupero delle opere di Rambaldi con l'aiuto di un riluttante scienziato sequestrato (Christian Slater). Nel frattempo, il matrimonio di Dixon viene messo a dura prova quando racconta alla moglie la verità sul suo lavoro. La laurea di Sydney si rivela un momento agrodolce.

Sydney, Vaughn e Jack devono stabilire se l'agente della CIA Lennox (Ethan Hawke) è realmente chi dice di essere, dopo che la sua missione sotto copertura è stata compromessa. Quando Sydney salva Lennox, scopre subito di avere un legame con lei: entrambe hanno perso sul lavoro qualcuno che amavano. Tuttavia, il suo giudizio si rivela errato, quando Vaughn e Jack scoprono che Lennox era alla ricerca di una tecnologia che permette alle persone di cambiare aspetto.

Gli agenti aiutano una donna incinta perseguitata da un serial killer che sembra aver ereditato micidiali ricordi genetici.