Con Fiona costretta agli arresti domiciliari e la malattia di Frank che lo tiene fuori uso, il peso della genitorialità ricade tutto sulle spalle di Lip.
Il team del CBI ricerca sospetti in una città turistica del Wild West in rovina il cui proprietario è stato trovato morto. Kirkland tenta di scoprire quanto Patrick sappia su Red John.
Il Team Bravo è a Mumbai per salvare un ufficiale americano dei Servizi Esteri tenuto in ostaggio dai radicali che hanno attaccato la città. Inoltre, Jason rivaluta il suo stile genitoriale e trova un modo per relazionarsi con i suoi figli.
Jason e il Team Bravo si recano in Arabia Saudita, dove gli estremisti si impossessano di una fonte d'acqua sotterranea e minacciano di rilasciare antrace nella rete idrica. Inoltre, Ray pensa di unirsi a un altro team.
Bones e Booth indagano sulla morte di un uomo vestito da Babbo Natale che ha cercato di rapinare una banca. Intanto Max, il padre di Brennan, chiede a Margaret, una lontana parente, di trascorrere il Natale con loro.