Lo scienziato scopritore dei Raggi Getter, il Professor Saotome, ritorna dagli inferi per cercare vendetta contro coloro che utilizzano le sue scoperte per fini personali.

Il Professor Saotome porta avanti il suo perverso piano di vendetta contro la razza umana, ostacolato da un impavido Ryoma, che viene presto affiancato dai suoi due ex compagni della squadra Getter, Musashi e Hayato.

Koen e Stinger svelano la loro natura e massacrano i membri del Consiglio dell’ONU. Subito dopo, scagliano sul Giappone uno spaventoso missile nucleare.

Sono trascorsi tredici anni dalla tremenda esplosione. La Terra è ridotta a una pianura desolata e i pochi sopravvissuti sono rifugiati nel sottosuolo per sfuggire alle sfavorevoli condizioni del pianeta.

Go invita Kei e Benkei a salire sullo Shin Getter mentre in superficie la battaglia è resa ancora più cruenta dalla comparsa di un'enorme fortezza mobile chiamata “La Torre”, comandata Hayato e dal Prof. Shikishima.

Koen e Stinger, insieme al risuscitato Professor Saotome, tramano su come impadronirsi dello Shin Dragon.