La storia inizia il 10 aprile, giorno in cui si ritorna a scuola dopo le vacanze primaverili. Il liceale Shido Itsuka, protagonista della storia, viene svegliato da sua sorella Kotori e si alza convinto di affrontare un'altra normale giornata. Lo shock però è grande quando scopre che la città in cui vive è stata devastata da una forte esplosione. La causa sembra essere la misteriosa ragazza che subito gli appare davanti, chiedendogli se è venuto anche lui per ucciderla. Shido inizia a chiamarla Tohka e scopre anche che si tratta di un essere dalle origini sconosciute, in grado di distruggere l'intera umanità, come già stava per accadere 30 anni prima. C'è solo un modo per fermarla… uscire con lei! Kotori gli chiede di sacrificarsi per il bene dell'intero pianeta, facendola innamorare di sé per poterle sigillare i poteri spirituali.