L’anime prende luogo in un’immaginaria città giapponese di nome Sugomori. Un giorno, Noriko Sonosaki dice al suo compagno di classe Katsuhira Agata: “Sei stato selezionato per diventare un Kiznaiver”. Il Kizuna System permette a Katsuhira di condividere le sue ferite collegandosi ai suoi compagni di classe che hanno vite e personalità completamente diverse dalla sua. Il Kizuna System è un sistema incompleto per la realizzazione della pace mondiale, che collega le persone attraverso le loro ferite. Tutti quelli connessi a questo sistema vengono chiamati Kiznaiver e quando uno dei Kiznaiver viene ferito il sistema divide la sua ferita tra tutti i Kiznaiver a lui connessi. Sugomori è stata costruita su un terreno bonificato e col passare degli anni la sua popolazione è in diminuzione.