Cresciuto in isolamento, Nagate deve abituarsi a vivere su una nave colonia centenaria, mentre è addestrato come pilota cadetto per far fronte ad un'antica minaccia.

Dopo alcuni giorni, Nagate è ancora sconvolto dal primo scontro contro i Gauna, ma i migliori piloti della Sidonia vogliono conoscerlo.

Nagate affronta Kunato per non aver aiutato Izana. Nel frattempo i Gauna attaccano, provocando la risposta dei piloti.

In seguito al disastro verificatosi a bordo della Sidonia, Nagate e la squadra hanno il compito di recuperare un'arma preziosa. Il giovane si mostra tuttavia pronto a disobbedire agli ordini per amicizia.

Alla deriva nello spazio, Nagate e Shizuka hanno quasi terminato le provviste mentre aspettano di essere soccorsi dalla Sidonia, che è tuttavia troppo lontana per inviare aiuto.

Una volta finito l'addestramento, Nagate e i compagni vengono inviati in battaglia contro il nemico. Nel frattempo, Kunato indaga sulla storia del giovane.