Dal 1967, l'invasione di alieni conosciuti come BETA stà portandola civiltà umana al collasso. Di fronte a un'inarrestabile quantità di forze nemiche,l'umanità ha sviluppato delle grandi armi di forma umanoide chiamati "Combattenti tattici di superfice" e li dispone a difesa delle nazioni del mondo.Tuttavia, tutti questi sforzi seppur diminuendo la loro avanzata, non riesce a sconfiggere i BETA, e il genere umano è costretto ad abbandonare le principali aree del continente eurasiatico. Per 30 anni, l'umanitàcombatte una guerra senza fine contro i BETA senza alcuna speranza di vittoria. Nel 1997, il Giappone incontra difficoltà nello sviluppo di modelli da combattimento di superfice della seconda generazione a causa dell'attacco diretto al Giappone da parte dei BETA. L'ONU propone quindi un programma di sviluppo congiunto tra il Giappone e gli Stati Uniti comeparte del suo progetto internazionale di sviluppo, il Progetto Prominence. Yui Takamura, erede di una delle maggiori famiglie di piloti giapponesi e Bridges Yuya, pilota delle forze armate americane , vengono scelte per sviluppare questo progetto e vengono mandate in Alaska. Questo cambierà completamente le sorti delle loro vite oltre a quelle del mondo intero.